最近メモしたものですのが、もしかしたら少し古いものもあるかもしれません。。
Navigation&Social
1. ClassySocial
サイトにデモがありますのでそちらを見てもらうとわかるのですが、クリックするとソーシャルボタンがサークル状になって出てきます。

2. Sidr
クリックするとサイドメニューが現れるjQueryプラグイン

3. Layout
jQuery Nested
複数列、ダイナミックグリッドレイアウトを作成するjQueryプラグインです。
masonryに近いです。

4. jResponsive
要素を簡単にカスタマイズすることができるシンプルなjQueryのプラグイン。
このタイプのレイアウトを使用しているサイトの1つにPulseがあります。

Other
5. jQuery.Pin
エリア内でスクロールに追随するような要素を実装できるjQueryプラグイン。
小さな画面で無効にすることも出来ます。

6. jQuery Alpha Image Plugin
IE9 +、クロムは、Firefox、Safariの上で動作します。

7. perfect-scrollbar
マウスホバーするとその要素にスクロールバーが表示されます。

8. Textillate.js
テキストの任意のブロックにCSS3アニメーションを適用するためのシンプルなプラグインです。
エフェクトの種類も豊富。
